Desde 1958 con la fundación del Colegio Minuto de Dios, el Padre Rafael García-Herreros continúa su labor educativa con los niños y jóvenes en la primaria y secundaria, brindando este espacio principalmente a las poblaciones menos favorecidas.
En el año 1978 se reunieron los sacerdotes Eudistas Rafael García-Herreros y Luís Alberto Arbeláez, rector del Colegio Minuto de Dios Calendario A y la Coordinadora de Primaria Susana García, con el fin de fundar una Institución educativa con propósitos únicos en Colombia para estudiantes que hubieran perdido el año.
Es así como en 1979 se funda el ATENEO JUAN EUDES, y asume las funciones de rector fundador el Padre Luís Alberto Arbeláez, centrando su labor principalmente en atender a jóvenes perdedores de años, con un sistema anual de recuperación de materias perdidas en los grados 1º a 4º de Bachillerato mixto y un total de 9 cursos.
Las autoridades del Ministerio de Educación Nacional recibieron con beneplácito el aporte pedagógico que constituía la institución. Al principio los estudiantes asistían durante todo el año escolar a recuperar materias perdidas de acuerdo con un horario que escogían, “los padres de familia no estaban del todo contentos porque sus hijos a más de desjuiciados pasaban tan solo unas horas en el Colegio”, por lo tanto fue necesario establecer un horario de clases en toda la jornada.
En el año 1982 se tenía cobertura hasta los grados décimos (10º.) y undécimo (11º.), en 1983 se semestralizó y en julio del mismo año se graduó la primera promoción de bachilleres: cincuenta y dos (52) estudiantes.
Frente a la disyuntiva de qué hacer con los estudiantes que aprobaron el curso semestralizado se fundó el colegio El minuto de Dios Calendario B.
El Ministerio de Educación Nacional una vez conoció el proyecto envió un grupo de supervisores para que hicieran una evaluación de recursos, obteniéndose una alta calificación: 97%.
Según la justificación que se presentó al Ministerio de Educación Nacional, el proyecto se diseñó con el fin de brindar a los estudiantes perdedores de año escolar la posibilidad de reintegrarse a un plan de estudios regular de educación básica y media, recuperando en cinco (5) meses el tiempo de escolaridad, dando respuesta a la problemática social educativa de centenares de familias, cuyos hijos perdían el año escolar y en consecuencia, en los colegios no eran aceptados para continuar con sus estudios.
Los directivos y docentes, pretendían ofrecer una educación fundamentada en un programa específico, que lograra recuperar la motivación por el estudio e hiciera olvidar la experiencia negativa que originó la repitencia.
Con la promulgación de la Ley General de Educación (Ley 115 de 1994) donde aparecieron nuevas disposiciones legales, cambiando el sistema de evaluación de cuantitativa a evaluación por conceptos y luego por logros, se reorganiza nuevamente el colegio con la modalidad de Nivelación y Avance simultáneo de dos años en uno, recuperando el año perdido y a su vez avanzando en el siguiente curso, siendo el rector de la institución el reverendo Padre Luís Carlos Mendoza Dávila.
En 1995 siguiendo los lineamientos, filosofía, principios católicos y Eudistas con los cuales fue fundado el Ateneo Juan Eudes, se consolida el programa de Recuperación y Avance simultáneos, con 48 cursos de grado 6° a 11.
En el año de 1998, bajo la dirección de la Doctora Luz Miriam Arango, se implementa una nueva propuesta pedagógica teniendo como referente algunos principios de la Teoría de Reuven Feurestein de Modificabilidad Estructural Cognitiva y el programa de enriquecimiento instrumental, pasando de una pedagogía tradicional a una pedagogía basada en el desarrollo del pensamiento.
A partir del año 2001 se separan los procesos de nivelación y recuperación de año, del proceso de avance.
A mitad del año escolar 2004 la licenciada María Elia López Rincón asume la rectoría. Bajo su dirección el colegio continúa cualificando su proyecto educativo, al incluir en el programa de recuperación a los estudiantes niveladores, para apoyar a los jóvenes que fueron promovidos con áreas reprobadas en procesos académicos y de convivencia. En este momento se establece un programa de: recuperación, nivelación y avance.
En el año 2005 se logra la diversificación en el área de Educación Artística dividiendo los grupos para atender sus intereses y talentos en modalidades como: Educación musical; Artes plásticas, Danzas y Teatro.
Desde el año 2006, la institución viene implementando el mejoramiento de la calidad en la educación con el PROYECTO EDUCATIVO LÍDERES SIGLO XXI; se han definido en el desarrollo curricular LOS APRENDIZAJES BÁSICOS DEL ATENEO; se cualifica el proyecto de valores DÍA A DÍA MES A MES DESARROLLANDO COMPETENCIAS Y VALORES PARA LA VIDA.
A partir del año 2007 se adopta como nombre del proyecto “EDUCACIÓN INTEGRAL HUMANA CON SENTIDO Y CALIDAD”. Hoy, continúa el Colegio apoyando a los jóvenes, que por diversas circunstancias presentan oportunidades de mejoramiento con el proceso escolar, en sus procesos académicos y de convivencia.
